É uma causa relativamente frequente de preocupação para os pais, mas a maioria das situações de micropénis verdadeiro, são diagnosticadas ao nascimento pelos pediatras que observam o recém-nascido. Nesta altura a presença de micropénis pode estar associada a outras situações, como icterícia e hipoglicémias, no contexto de causas que, se não forem tratadas de imediato, podem colocar a vida da criança em risco. Durante a infância o pénis cresce de forma discreta, essencialmente por acção da hormona de crescimento. Na puberdade volta a haver um aumento significativo do tamanho do pénis. Contudo, se o início do desenvolvimento da puberdade ocorrer mais tarde do que é habitual (por volta dos 10-14 anos) o pénis vai parecer pequeno relativamente aos pares. Esta situação tende para a normalização quando o jovem avançar no seu desenvolvimento sexual. Outra situação que muitas vezes faz com que o pénis pareça pequeno é a obesidade. Nestes rapazes há acumulação de gordura na região supra-púbica, que vai esconder uma parte significativa do mesmo, que pode ser evidenciada fazendo uma medição rigorosa com empurramento desta gordura até ao osso. Na presença de alterações anatómicas à volta do pénis, pode haver sintomas como dor a urinar e acumulação de urina na ponta do pénis o que propicia a infeções (balanites).