O tratamento da APLV passa pela evicção rigorosa das PLV na dieta.

No caso dos lactentes sob aleitamento materno exclusivo, as mães devem ser encorajadas a continuar a amamentação, optando pela evicção das PLV na sua própria dieta. No caso dos lactentes sob aleitamento com fórmula, deve recorrer-se às fórmulas extensamente hidrolisadas.

Previamente existiam preocupações sobre a possibilidade de reação aos vestígios de PLV contidos na lactose. Contudo, sabe-se atualmente que tal não acontece. Desse modo, a evicção da lactose não deve ser realizada em crianças com APLV sem intolerância documentada à lactose.

A utilização de outras bebidas à base de soja, arroz, amêndoa, coco ou castanha, como tentativa de substituição do leite também não é adequada. Estas bebidas, que por vezes são indevidamente apelidadas de "leites", não permitem atender às necessidades nutricionais do lactente e, portanto, não devem ser utilizadas.

A duração óptima da exclusão das PLV na dieta da criança não é consensual. Esta vai depender da idade da criança, da gravidade dos seus sintomas e da duração da positividade da IgE específica para PLV. Nos casos com sintomas mais ligeiros/moderados e IgE específica negativa, a dieta com exclusão das PLV deve ser mantida durante pelo menos 3 meses.

Habitualmente após 4 semanas a 12 semanas a colite hemorrágica por APLV pode resolver. No entanto, na prática é geralmente aconselhada a evicção das PLV nestes casos até aos 6 meses de vida prevenindo assim outras doenças alérgicas.

No caso das reações mais severas ou com IgE específica positiva, esta deve ser mantida durante mais tempo, podendo ter que ser mantida até aos 12 meses. Nestes casos, após o período inicial de remoção das PLV da dieta deve ser realizada nova prova de provocação em meio hospitalar. Se esta for positiva, a restrição deve ser mantida geralmente durante mais 6 a 12 meses.

No caso do FPIES, além da exclusão das PLV, o tratamento inicial passa pela hidratação, havendo geralmente necessidade de realizar hidratação endovenosa.

Dada a natureza restritiva da dieta e o facto do seu prolongamento poder resultar num crescimento inadequado, crianças cuja APLV se mantém além dos 12 meses de idade necessitam de aconselhamento nutricional individualizado.

É aconselhada uma avaliação detalhada para garantir que o fornecimento de nutrientes na dieta, especialmente proteínas, cálcio e vitaminas A e D, é suficiente. No caso de necessidade, poder haver lugar à introdução de algum tipo de suplementação, sendo que nestes casos, a orientação deve ser realizada por um especialista em nutrição pediátrica.