Quanto à terapêutica prende-se essencialmente a simbiose entre o tratamento não-farmacológico (evitar a exposição ao alergénio) e farmacológico com o objectivo de controlar os sintomas e modificar a progressão da doença.

O tratamento farmacológico pode ser tópico (anti-histamínicos, vasoconstritores, estabilizadores da membrana do mastócito, acção múltipla, AINES e corticóides) e / ou oral (anti-histamínicos e imunoterapia).

O tratamento a instituir vai depender do tipo de conjuntivite e da severidade dos sintomas, de modo a frenar o processo inflamatório e melhorar a qualidade de vida do doente. 

Numa abordagem inicial, tenta-se evitar a exposição a alergénios e eventualmente aplicar lágrimas artificias, que podem ser usadas em qualquer idade (4-8 x/dia), devem estar no frigorífico uma vez que o frio alivia o prurido devido à sua acção anti-inflamatória.

Estabilizadores dos mastócitos tópicos (cromoglicato 4% e lodoxamida 0.1%): Impedem a desgranulação dos mastócitos e a libertação de mediadores inflamatórios, sendo usados na prevenção dos sintomas. Têm um início de acção mais lento pelo que, apesar de serem mais eficazes, devem ser usados antes do aparecimento dos sintomas (na fase pré-polínica). A lodoxamina considera-se 2500 vezes mais potente que o cromoglicato, é mais rápido e com menos efeitos adversos e é bem tolerado. 

Vasoconstritores tópicos (oximetazolina 0.025%, nafazolina 0.01% e tetrahidrozolina 0.05%): Na fase aguda, são muito eficazes na redução da hiperemia ocular pelo seu efeito alfa-adrenérgico, tem uma ação muito curta de 2-4 h pelo que se pode administrar 4-8 x dia. O mais potente, rápido e eficaz e a oximetazolina. Estão contra-indicados abaixo dos 6 anos e tem um uso limitado na pediatria pelos frequentes efeitos adversos (efeito rebound com ardor, midríase), pelo que não se recomenda de forma sistemática no tratamento da conjuntivite alérgica (apenas períodos curtos e em associação com anti-histamínicos tópicos).  Estão contra-indicados em glaucoma de ângulo encerrado e deve-se ter precaução nos doentes com diabetes, hipertiroidismo e cardiopatias.

Anti-histamínicos tópicos (lebocabastina 0.1% e emedastina 0.05%): Funcionam como antagonistas selectivos dos receptores H1 da histamina na conjuntiva. Promovem o alívio do prurido ocular, mas também podem apresentar efeitos adversos: ardor, hiperemia conjuntival, olho seco e cefaleia (11%). Não se recomenda o tratamento a longo prazo. Estão contraindicados em crianças com menos de 2 anos e em doentes com glaucoma de ângulo estreito.

Anti-inflamatórios não esteróides (AINE) (ketorolac 0.5%, diclofenac 0.1%, pranoprofeno 0.5%, flurbiprofeno 0.03%): Uso limitado pela sensação de ardor embora são muito eficazes no controlo do prurido (atenção ao Cetorolac, pode desencadear crises de asma).

Acção múltipla - anti-histamínico e estabilizador do mastócito (olopatadina 0.1-0.2%, ketotifeno 0.025% e azelastina 0.15%): Provocam o bloqueio selectivo dos receptores H1 da histamina na conjuntiva e estabilizam a membrana do mastócito. Tem um efeito rápido e prolongado, são bem tolerados com poucos efeitos adversos, sendo o mais usado e eficaz a olopatadina.

Anti-histamínicos orais 2ª geração (cetirizina, loratadina, desloratadina, ebastina, rupatadina e bilastina): são eficazes em doentes com sintomas oculares (incluindo CAS e CAP) e nasais.

Corticóides tópicos (dexametasona 0.15%, fluorometolona 0.1%, prednisolona 0.1% e loteprednol 0.2%): São os medicamentos mais potentes pelo que devem ser usados nas formas mais graves de alergia ocular ou nos casos crónicos que não respondem aos anti-histamínicos ou aos estabilizadores dos mastócitos, sempre com controlo oftalmológico. 

Corticóides tópicos nasais: Podem contribuir na melhoria dos sintomas oculares. 

Imunoterapia: Nos casos de rinoconjuntivite alérgica,  a dessensibilização através de vacinas poderá melhorar os sintomas oculares. A melhoria dos sintomas oculares persistem durante anos depois de ter finalizado a administração da vacina.