As manifestações da doença variam conforme a idade do doente.

Ao nascimento e na pequena infância,verifica-se uma diminuição do tónus muscular e uma face característica com lábio superior fino, olhos amendoados e anomalias genitais. O bebé tem, por vezes, dificuldades na amamentação por fraca sucção.

Ao longo da infância surge a obesidade,baixa estatura e atraso do crescimento, assim como alterações do comportamento, caracterizadas por teimosia, compulsividade e dificuldades no relacionamento social. Algumas crianças podem vir a desenvolver escoliose. As crianças apresentam ainda algum atraso cognitivo e dificuldades na aprendizagem.

Os adolescentes com SPW podem sofrer alterações pubertárias (atraso pubertário, hormonas sexuais em níveis baixos e alterações genitais), agravamento da baixa estatura e manutenção da obesidade com comportamento de busca incessante por comida e ausência de saciedade. Mantém-se o atraso de desenvolvimento e cognitivo (QI médio 60-70).

Enquanto adultos,os problemas comportamentais tendem a agravar e surgem geralmente comorbilidades associadas a obesidade mórbida, nomeadamente distúrbios do sono (por exemplo, apneia do sono), diabetes mellitus tipo2 ou hipertensão arterial. A incidência de fracturas devido a densidade mineral óssea diminuída é superior à da população geral. Os adultos com SPW são quase sempre inférteis.